Two Paths to Predicting Protein Structure
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자연과학 · 의학 · 마음과 뇌 · 인공지능 · 교육 정책의 학술 글에서 200~750 낱말을 골라 모았습니다. 토플 꼴 문제가 붙어 있습니다.
출처 Jumper, J., et al. (2021). Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold. Nature, 596, 583–589. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2 — Main · 라이선스 CC BY 4.0 · 원문
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The development of computational methods to predict three-dimensional (3D) protein structures from the protein sequence has proceeded along two complementary paths that focus on either the physical interactions or the evolutionary history. The physical interaction program heavily integrates our understanding of molecular driving forces into either thermodynamic or kinetic simulation of protein physics or statistical approximations thereof. Although theoretically very appealing, this approach has proved highly challenging for even moderate-sized proteins due to the computational intractability of molecular simulation, the context dependence of protein stability and the difficulty of producing sufficiently accurate models of protein physics. The evolutionary program has provided an alternative in recent years, in which the constraints on protein structure are derived from bioinformatics analysis of the evolutionary history of proteins, homology to solved structures and pairwise evolutionary correlations. This bioinformatics approach has benefited greatly from the steady growth of experimental protein structures deposited in the Protein Data Bank (PDB), the explosion of genomic sequencing and the rapid development of deep learning techniques to interpret these correlations. Despite these advances, contemporary physical and evolutionary-history-based approaches produce predictions that are far short of experimental accuracy in the majority of cases in which a close homologue has not been solved experimentally and this has limited their utility for many biological applications.
이 장의 낱말
- accuracy 정확도 accurate 의 명사.
- evolutionary 진화의 evolution 의 형용사. evolutionary history = 진화의 역사.
- homology 상동성, 유사성 진화적으로 같은 뿌리에서 나와 닮은 성질.
- protein 단백질 생명체를 이루는 큰 분자. 이 글의 중심 낱말.
- sequence 서열, 순서 protein sequence = 단백질을 이루는 아미노산의 차례.
- simulation 시뮬레이션, 모의 계산 실제 현상을 컴퓨터로 흉내 내는 일.
- alternative 다른 길, 대안 지금 것 대신 고를 수 있는 다른 방법.
- approximation 근사, 어림한 값 정확한 값 대신 가깝게 구한 것.
- bioinformatics 생물정보학 컴퓨터로 생물학 자료를 분석하는 학문.
- biological 생물학의 biological applications = 생물학에서의 응용.
- complementary 서로 보완하는 둘이 서로 모자란 점을 채우는. compliment(칭찬)와 다르다.
- computational 계산의, 컴퓨터로 계산하는 compute(계산하다)의 형용사. computational methods = 계산 방법.
- constraint 제약 조건 구조가 가질 수 있는 모양을 좁혀 주는 조건.
- contemporary 오늘날의, 현대의 같은 시대의. contemporary approaches = 지금의 접근법.
- correlation 상관 관계 한쪽이 바뀌면 다른 쪽도 함께 바뀌는 관계.
- dependence 의존, 달려 있음 context dependence = 주변 조건에 따라 달라지는 성질.
- derive 끌어내다, 얻다 be derived from = ~에서 끌어내어진다.
- dimensional 차원의 three-dimensional (3D) = 3차원의.
- experimental 실험의, 실험으로 얻은 experimental accuracy = 실험으로 얻을 수 있는 정확도.
- experimentally 실험으로 solved experimentally = 실험으로 구조가 풀린.
- genomic 유전체의 genome(한 생물의 유전 정보 전체)의 형용사.
- homologue 동족 단백질, 상동 분자 진화적으로 같은 뿌리를 지닌 단백질. 미국식 철자는 homolog.
- integrate 통합하다, 한데 넣다 integrate A into B = A 를 B 에 녹여 넣다.
- interaction 상호 작용 physical interactions = 물리적 상호 작용(분자 사이의 힘).
- interpret 해석하다 뜻을 풀어 읽는 것. 통역하다는 뜻도 있다.
- intractability 다루기 어려움, 풀기 어려움 in- + tractable(다루기 쉬운). 계산이 너무 커서 풀 수 없는 성질.
- kinetic 운동의, 운동학의 움직임과 관련된. kinetic simulation = 움직임을 흉내 내는 계산.
- molecular 분자의 molecule(분자)의 형용사.
- pairwise 쌍별, 둘씩 짝지은 두 개씩 짝을 지어 비교하는.
- sequencing 서열 분석 유전체의 염기 순서를 읽어 내는 일.
- sized ~한 크기의 moderate-sized = 중간 크기의. 크기를 나타내는 말 뒤에 붙인다.
- stability 안정성 stable 의 명사. protein stability = 단백질이 모양을 유지하는 성질.
- statistical 통계의 statistics(통계)의 형용사.
- sufficiently 충분히 sufficient 의 부사. sufficiently accurate = 충분히 정확한.
- theoretically 이론적으로는 theory 의 부사. 실제와 대비할 때 쓴다.
- thereof 그것의 격식 있는 글에서 of it 을 대신하는 말. approximations thereof = 그것(시뮬레이션)의 근사.
- thermodynamic 열역학의 열과 에너지의 흐름을 다루는 물리.
- utility 쓸모 their utility = 그 방법들의 쓸모.
이해 확인 7문항. 읽은 글로 푸는 문제입니다. 결과는 프라이빗 코치의 독해 실력에 기록됩니다.
이해 확인 풀기이 글은 위 출처의 글에서 문단을 골라 그 라이선스에 따라 옮겼습니다. 영국식 철자 등 표기는 지금의 미국식 표준으로 바꾸었고, 문장은 원문 그대로입니다. 해석 · 끊어 읽기 · 낱말 풀이와 이해 확인 문항은 따로 덧붙인 것입니다.